Фамилия Халькеев — редкий случай, когда тюркское имя-прозвище получило русский фамильный суффикс. Основа здесь — тюркское слово «халык» (народ, люди, племя), а суффикс -еев указывает на принадлежность: «чей?» — Халькеев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Халькей.

Прозвище Халькей на тюркской почве могло означать «народный», «принадлежащий народу», «человек из народа» или даже «собиратель народа». В кочевой и полукочевой среде такое прозвище давали либо человеку, который умел объединять людей, либо тому, кто был известен своей простотой и близостью к простому люду. Встречается и вариант, что Халькей — это адаптация арабского «халид» (вечный) или «халиль» (друг), но это менее вероятно: фонетика «хальк-» однозначно отсылает к тюркскому «халык», а не к арабским корням.

В русской традиции фамилия появилась в результате взаимодействия с татарами, башкирами или другими тюркскими народами Поволжья и Урала. Суффикс -еев (а не -ов) указывает, что основа оканчивалась на мягкий согласный или йот: Халькей → Халькеев. Встречается и вариант написания Халькеев — через «е» в первом слоге, что связано с особенностями местного произношения (ёканье или аканье). По сословной принадлежности носители были, скорее всего, государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми татарами, которые получали фамилии по прозвищу отца при переходе на русскую административную систему.

Фамилия очень редкая. Основной ареал — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. В дореволюционных метриках она почти не встречается, что говорит о позднем закреплении — скорее всего, в конце XIX — начале XX века, когда крестьянам массово присваивали фамилии по отцу. Сегодня носителей можно встретить и в других регионах, но численность невелика.