Фамилия Халилина — женская форма от Халилин, а та, в свою очередь, образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Халилин буквально означает «сын Халилы» или «человек из рода Халилы». Основа здесь — личное мужское имя Халила.

Имя Халила имеет арабские корни. Оно восходит к арабскому «халиль» (خليل), что переводится как «близкий друг», «верный товарищ» или «возлюбленный». В мусульманской традиции это один из эпитетов пророка Ибрахима (Авраама), которого называют Халилуллах — «друг Аллаха». Таким образом, имя Халила несло в себе высокий религиозно-почётный смысл. На русской почве оно могло звучать и как Халил, и как Халила, и в фамилию перешло именно в форме Халила, что для фамилий на -ин вполне обычно (сравните: Гаврила — Гаврилин, Данила — Данилин).

Географически фамилия Халилин (и Халилина) встречается преимущественно в регионах с татарским или смешанным русско-татарским населением — в Татарстане, Башкортостане, в Оренбургской и Астраханской областях. Это закономерно: имя Халила было широко распространено среди татар и башкир, а при переходе на русскую систему фамилий в XIX — начале XX века его оформили с русским суффиксом. Сословно предки носителей фамилии чаще всего относились к крестьянам или мещанам, реже — к купечеству, но каких-то выдающихся исторических личностей с этой фамилией в дореволюционных источниках не зафиксировано.

Интересная деталь: в русском языке имя Халила иногда путали или сближали со словом «халил» в значении «наглый, бесстыжий» (из тюркских диалектов), однако это народная этимология. Основной, научно признанный корень — арабский «друг», и именно он лежит в основе фамилии.