Фамилия Халилуева — женская форма фамилии Халилуев, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Сама фамилия Халилуев — отчество, образованное от личного имени Халилу (или Халилулла). В основе лежит арабское имя Халил (خليل), что переводится как «верный друг», «близкий друг» или «возлюбленный». В исламской традиции это один из эпитетов пророка Ибрахима (Авраама), которого называют Халилуллах — «друг Аллаха». Таким образом, имя Халилулла означает «друг Бога», а его краткая форма Халилу — то же самое в усечённом виде.

Фамилия образована по русской словообразовательной модели с помощью суффикса -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или гласный (в данном случае на -у). Суффикс -ев, как и -ов, указывает на принадлежность: «чей?» — Халилуев, то есть сын или потомок Халилу. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных народов Кавказа и Поволжья, а также среди тюркоязычных и мусульманских народов России, которые в разное время принимали православие или оказывались в русской культурной среде.

Географически фамилия Халилуева чаще всего встречается среди народов Северного Кавказа, особенно в Дагестане и Чечне, а также среди татар и башкир. Это не случайно: имя Халил и его производные широко распространены в исламском мире, а суффикс -ев указывает на то, что фамилия была записана по русским документам — при переписях или записях в метрических книгах. Важная деталь: в оригинальном арабском написании имя Халил пишется через букву «х», но в русской передаче возможны варианты — Халилуев, Халилуллаев, а также Калалуев (из-за особенностей произношения в местных говорах).

Спорных версий у фамилии Халилуева практически нет: корень прозрачен, а суффикс типичен для русских отчеств. Единственный нюанс — не путать с фамилией Халилов, которая образована от той же основы, но с суффиксом -ов (от имени Халил, а не Халилу). Фамилия Халилуева — более редкая, и её носители, скорее всего, происходят из рода, где имя Халилулла было особенно почитаемо или передавалось как родовое.