Фамилия Халунин — одна из тех, где главная загадка скрыта в корне, а не в суффиксе. Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель принадлежности: «чей?» — халунин, то есть сын или потомок Халуна. Основа Халун- — это, скорее всего, прозвище или некалендарное имя, которое и стало отправной точкой.

Самое правдоподобное объяснение корня «халун» связано с диалектным словом «халун» или «халунья». В некоторых русских говорах, особенно на юге и юго-западе, так называли неповоротливого, медлительного человека, разиню или соню. В словаре Владимира Даля «халун» зафиксирован именно в значении «лентяй, соня, нерасторопный человек». Если это так, то фамилия произошла от прозвища, которое дали за характер: предок был человеком спокойным, неторопливым, возможно, даже излишне медлительным.

Есть и другая, более редкая версия, которую стоит упомянуть. В некоторых регионах «халуном» называли рыбу, например, мелкую плотву или уклейку, которую вялили или сушили. Такое прозвище мог получить рыбак или торговец рыбой. Однако эта гипотеза менее вероятна: прозвища по названиям мелкой рыбешки встречаются, но обычно они привязываются к конкретной местности, а «халун» в этом значении не был широко распространен.

Фамилия Халунин довольно редкая. Она не встречается в древних боярских списках и не связана с дворянскими родами. Скорее всего, это крестьянская или посадская фамилия, которая оформилась в центральных или южных губерниях России. Встречаются варианты написания с двойной «н» — Халуннин, но это скорее орфографическая ошибка, чем историческая форма. Географически фамилия тяготеет к Воронежской, Тамбовской и Ростовской областям, что хорошо согласуется с диалектной зоной слова «халун» в значении «лентяй».