Фамилия Холунин — яркий пример того, как прозвище, данное по социальному положению или роду занятий, закрепилось в качестве родового имени. В основе фамилии лежит слово «холуй». В Древней Руси так называли зависимого человека, слугу, челядинца, а позже — того, кто угодничает, раболепствует. Однако не стоит торопиться с однозначно негативной трактовкой: в крестьянской среде XVI–XVII веков прозвище Холуй могло быть бытовым, без уничижительного оттенка, и указывать на реальную службу — например, на то, что человек работал в холопах у боярина или помещика.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность «сын Холуя» или «из семьи Холуя». Окончание -ин, а не -ов, характерно для основ, оканчивающихся на мягкий согласный или -й, что в данном случае и происходит. Таким образом, Холунин — буквально «чей?» — холуев, холуйский потомок. Морфологически фамилия прозрачна и не вызывает споров, в отличие от некоторых более древних или затемнённых основ.

Географически фамилия Холунин встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в бывших вотчинах, где холопство было широко распространено. Есть версия, что прозвище могло быть связано не с социальным статусом, а с топонимом: село Холуй (известное в Ивановской области) или река Холуй. Жители таких мест получали прозвище Холуй, а их дети становились Холуниными. Однако эта гипотеза менее вероятна, так как фамилии от названий сёл чаще образуются с суффиксом -ский (Холуйский), а -ин — типично «патронимический» суффикс, привязанный к личному прозвищу.

В словаре русских фамилий Б. Унбегауна и в работах В. Никонова подобные фамилии разбираются в ряду «социальных» прозвищ. Холунин стоит в одном ряду с Бояриновым, Крестьяниновым, Смердиным — все они отражают сословную иерархию допетровской Руси. Примечательно, что фамилия не стала массовой: её носителей сравнительно немного, что говорит о локальном происхождении, возможно, от одного конкретного человека, получившего такое прозвище в определённой местности.

Таким образом, предки современных Холуниных, скорее всего, были людьми зависимого сословия — холопами или дворовыми. Фамилия не несёт в себе никакой тайны, но даёт чёткую картину социального слоя, из которого вышли её первые носители.