Фамилия Холунджа — редкая и неочевидная с точки зрения русского уха. Её суффикс -а (сравните: Державин, Репин) отсутствует, а окончание -джа сразу выбивается из привычного ряда фамилий на -ов, -ев, -ин. Главный вопрос, который возникает при взгляде на неё: откуда такое окончание и что оно означает.

Скорее всего, перед нами фамилия не русского, а тюркского или, возможно, балканского происхождения, адаптированная к русской письменности. Основа «холун» может восходить к тюркскому слову «колун» (топор-колун, тяжёлый плотницкий инструмент). В таком случае прозвище Холунджа могло означать «человек с колуном» — либо мастера-плотника, либо человека грубого, прямолинейного. Суффикс -джа (-ча) в тюркских языках часто образует уменьшительные или прозвищные формы (сравните: батыр — батырча, аксакал — аксакалча). То есть Холунджа — это «маленький колун» или «тот, кто с колуном», причём в переносном, прозвищном смысле.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В южнославянских языках (сербский, болгарский) слово «холун» не зафиксировано, но суффикс -джа встречается в фамилиях, образованных от турецких заимствований (например, Кованджа). Если предположить связь с греческим «холундра» (вид лодки) или с румынским «холун» (пустошь), то фамилия могла бы указывать на место жительства у реки или на болотистой пустоши. Однако эта гипотеза слабая: ни в одном из известных ономастиконов (ни у Унбегауна, ни у Никонова) фамилия Холунджа не упоминается, а значит, она либо очень редкая, либо диалектная.

Что можно сказать наверняка: фамилия бытовала на юге России, в казачьих областях (Кубань, Дон) или в Крыму, где смешивались русские, тюркские и греческие элементы. В царское время носители такой фамилии, скорее всего, были государственными крестьянами или казаками — дворянских родов с такой фамилией не известно. Сегодня она встречается единично, в основном на юге страны, и её написание устойчиво — вариантов «Халунджа» или «Холундза» в документах почти не фиксируется.

Итог: перед нами пример фамилии-прозвища, образованной по тюркской модели, от названия плотницкого инструмента. Предок носителя был либо мастеровым с топором, либо получил прозвище за характер — тяжёлый, как колун.