Фамилия Холунова — женская форма фамилии Холунов. Её основа, как ни странно, не связана с «холуём» в современном уничижительном значении. В русских говорах слово «холун» имело несколько значений, и разобраться с ними помогает география и словообразование.

Самая вероятная версия отталкивается от глагола «холонуть» — остыть, застыть, стать холодным. В северных и сибирских говорах «холуном» называли холодный, неотапливаемый сруб, амбар или чулан. Прозвище Холун мог получить человек, живший в таком помещении, либо, что правдоподобнее, торговец или крестьянин, державший в холоде припасы, лёд или рыбу. Второе значение — «холун» как нерасторопный, вялый человек (от того же корня «холодный» — медлительный). Третье, более редкое, зафиксировано в псковских говорах: «холун» — бродяга, оборванец.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, и закрепляет принадлежность к роду: «сын Холуна». Фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или посадская. Встречается преимущественно на Русском Севере — в Архангельской, Вологодской областях, а также в Сибири, куда фамилию могли вынести переселенцы. В дореволюционных переписях Холуновы фиксировались как государственные крестьяне и мещане.

Есть и версия, что основа могла быть связана с тюркским «кулун» (жеребёнок), но она сомнительна: фамилия Холунов не отмечена в зонах активного тюркско-славянского контакта, а звуковой переход «к» в «х» для славянского уха нехарактерен. Так что холод, а не жеребёнок — более надёжная опора для этимологии.