Фамилия Хлунова — женская форма фамилии Хлунов, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. В центре внимания здесь не суффикс (типичный -ов, указывающий на принадлежность: «чей?» — Хлунова, то есть дочь или жена Хлунова), а само прозвище или имя Хлун, от которого всё пошло.

Корень «хлун-» в русских говорах звучит неоднозначно. Самая вероятная версия отсылает к диалектному слову «хлун» — так в некоторых областях (особенно на севере и в Сибири) называли хвастуна, бахвала или пустого болтуна. В этом случае предок-носитель фамилии получил прозвище за привычку прихвастнуть или любитель поговорить без дела. Менее распространённая, но тоже возможная трактовка — «хлун» как вариант слова «хлуд» (шест, жердь), что могло быть прозвищем для высокого и худого человека. Оба значения укладываются в логику русских прозвищ, где внешность или характер становились основой для фамилии на века.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в центральных и северных регионах России, где эта модель была основной. В южных и западных землях чаще встречались бы варианты вроде Хлуненко или Хлунский. Географически фамилия Хлунов (и Хлунова) встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что говорит о её относительно невысокой распространённости и возможном происхождении из нескольких независимых очагов.

Стоит отметить, что фамилия Хлунов не связана с каким-либо известным дворянским родом или историческим деятелем. Это типичная «прозвищная» фамилия крестьянского или посадского сословия, где за основу брали не церковное имя, а бытовое слово, метко характеризующее человека. В этом её ценность для потомков: она хранит не абстрактную книжную историю, а живую черту предка — будь то его стать или говорливость.