Фамилия Холунов звучит резко и недвусмысленно, но её происхождение не так просто, как кажется на первый взгляд. В основе лежит слово «холуй», которое в современном языке имеет резко негативную окраску — «раб», «прислужник», «льстец». Однако в Древней Руси так называли не только зависимых людей. Холуями именовали крепостных крестьян вообще, без обязательной презрительной интонации. Прозвище Холуй мог получить человек, находившийся в услужении, но не обязательно холоп по статусу — например, работный человек на барском дворе или даже вольный, но приживальщик.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Холунов — это «сын Холуя». Фамилия могла закрепиться за потомками того, кого в документах или в быту прозвали Холуем. Важно понимать, что в XV–XVII веках прозвища, отражавшие социальное положение, были обычным делом и не воспринимались как оскорбление рода. Более того, в некоторых говорах слово «холуй» имело иное значение: так могли называть неопрятного, грязного человека или, наоборот, того, кто любит прислуживать и угождать ради выгоды. Какая из этих версий верна для конкретной семьи — уже не узнать, но прозвищная основа остаётся общей.

Географически фамилия Холунов встречается в центральных регионах России, особенно в бывших вотчинных землях, где крепостное право было развито сильнее: Владимирская, Ярославская, Костромская губернии. Встречается она и на Урале, куда переселенцы приносили свои прозвища. Есть и топонимическая параллель: село Холуй в Ивановской области (ныне посёлок), известное иконописным промыслом. Жителей этого села могли называть холуянами, а выходцев — Холуновыми, но это менее вероятная версия, так как фамилии от названий сёл обычно образуются с суффиксом -ский (Холуйский).

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» Холунов не выделен отдельно, но модель образования типична для «социальных» фамилий: Батраков, Кащеев, Смердов. Отличие Холунова в том, что его основа не просто обозначение должности, а именно прозвище с чёткой уничижительной окраской, которое, тем не менее, стало родовым именем. В крестьянской среде такие прозвища часто давали детям «по двору» — по тому, чем занимался отец, без злого умысла. Так что предки современных Холуновых, скорее всего, были людьми подневольными, но не обязательно подлыми — просто их социальный статус закрепился в фамилии на века.