Фамилия Хаманеева образована от мужского имени или прозвища Хаманей, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому слову «хаман». В большинстве тюркских языков «хаман» означает «всегда», «постоянно». Прозвище Хаманей могли дать человеку, который отличался завидным постоянством в привычках, работе или даже в одном и том же ответе на любой вопрос. Вторая, менее распространённая версия, связывает основу с арабским «хаман» — «жар», «горячность», что указывало бы на вспыльчивый или страстный нрав носителя прозвища.

Суффикс «-еев» указывает на русский способ оформления фамилий, характерный для регионов, где тюркские имена адаптировались через окончание «-ей». В данном случае фамилия строится по патронимической модели: Хаманей → сын Хаманея → Хаманеев. Женская форма Хаманеева — это стандартное русское склонение, означающее «дочь» или «жена» Хаманеева.

Фамилия редкая и географически привязана к зоне смешанного русско-татарского населения — Поволжью, Уралу и Западной Сибири. В документах XVIII–XIX веков встречается в метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний, где татары и башкиры нередко принимали православие, сохраняя при этом тюркскую основу фамилии. В отличие от массовых фамилий на «-ов», форма на «-еев» встречается реже и часто указывает на более позднюю русификацию или на то, что исходное имя оканчивалось на мягкий согласный.

Написание с двумя «е» в суффиксе (Хаманеева, а не Хаманева) — не ошибка, а отражение полной формы: основа Хаманей даёт Хаманеева, как, например, Андреев от Андрей. Встречающийся вариант Хаманева (с одним «е») — это либо упрощение при переписи, либо диалектное произношение, где безударный звук редуцировался.