Фамилия Хаманеев — редкий случай, когда географический след подсказывает ответ быстрее, чем попытка разобрать корень «с листа». Если взглянуть на карту расселения, основная масса Хаманеевых сегодня живёт в Поволжье и Приуралье: в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Самарской областях. Это сразу заставляет искать не столько в древнерусских прозвищах, сколько в тюркских заимствованиях, которыми густо насыщена речь местных народов.

Наиболее убедительная версия связывает фамилию с тюркским словом «хаман» — так в ряде тюркских языков (например, в башкирском и татарском) называли низкорослую, коренастую лошадь, пони. Прозвище Хаман мог получить человек невысокого роста, плотного телосложения или, напротив, тот, кто торговал лошадьми, разводил их или славился умением обращаться с конём. Суффикс -еев — это адаптированный русский патронимический суффикс -ев, присоединённый к тюркской основе. Модель образования проста: Хаман + ев = сын Хамана. Вариант написания через «е» вместо более привычного «а» (сравните: Хаманеев, а не Хаманаев) объясняется тем, что в русской записи безударный гласный часто редуцируется, а на письме его закрепляли по слуху.

Менее вероятна, но всё же возможна версия от арабского «хаман» — «скряга, жадный». Она хуже согласуется с тем, что в тюркской среде прозвища чаще давали по внешним признакам или роду занятий, а не по абстрактным моральным качествам. К тому же для обозначения скупости в местных говорах были свои, более ходовые слова.

В сословном плане Хаманеевы, скорее всего, вышли из государственных крестьян или служилых татар, которые после падения Казанского ханства постепенно переходили в русское подданство и получали фамилии по отцовскому прозвищу. Встречается фамилия и в среде крещёных татар (кряшенов). Дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано — это фамилия «низовая», народная, без гербов и громкой истории, но с крепкой региональной привязкой.