Фамилия Хамбекян звучит однозначно по-армянски из-за типичного окончания -ян, которое в русской передаче часто замещает более старое -янц (родовой падеж множественного числа, означающий «из рода такого-то»). Основа фамилии — Хамбек.

Скорее всего, Хамбек — это вариант армянского имени Хамбел или Амбарцум, которое восходит к греческому слову «анастасис» — воскресение. В армянском именослове имя Хамбел (или Амбарцум) было широко распространено, и от него образовалось множество фамилий: Амбарцумян, Амбарян, а также Хамбекян. Переход «л» в «к» на конце имени — явление нередкое в диалектах и при устной передаче имени.

Впрочем, есть и более прозаичная версия. Слово «хамбек» в некоторых тюркских языках, с которыми армяне веками соседствовали, могло означать «беспокойный», «шумный» или даже «крикун». Если фамилия пошла от такого прозвища, то первый носитель получил её за характер. Но для армянской фамилии имяобразующая модель (от крестильного имени) статистически встречается чаще, чем прозвищная.

Фамилия Хамбекян — сравнительно редкая. Её можно встретить как в Армении, так и в армянских диаспорах России, Грузии и стран Ближнего Востока. Носители фамилии, вероятнее всего, были выходцами из Западной Армении (исторические области Васпуракан или Туруберан), где имя Хамбел было особенно популярно. После геноцида 1915 года часть рода могла осесть в Восточной Армении или эмигрировать дальше.

Словообразовательная модель проста: корень Хамбек- + суффикс принадлежности -ян. Это означает, что предок носителя фамилии был сыном человека по имени Хамбек (или по прозвищу Хамбек). Если бы фамилия оформлялась по старому принципу, она звучала бы как Хамбекянц, но в русской записи XIX–XX веков форма на -ян стала стандартной.