Фамилия Хандархаева — редкая и яркая, её звучание сразу выдаёт восточное, скорее всего, тюркское или монгольское происхождение. В основе лежит мужское имя или прозвище Хандархай, которое образовано сращением двух тюркских корней: «хан» (владыка, правитель) и «дарха» (в монгольских языках — мастер, кузнец, а в тюркских — иногда «меткий», «удачливый»). Таким образом, Хандархай — это сложносоставное имя со значением «хан-кузнец» или «хан-мастер». В кочевой культуре кузнецы почитались наравне с воинами, поэтому такое прозвище могло даваться человеку, сочетавшему знатное происхождение с ремесленным даром, либо, что вероятнее, — основателю рода, который прославился и как воин, и как умелец.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую модель образования фамилий от основ на твёрдый согласный (Хандархай → Хандархаев). Окончание -а — женский вариант фамилии. Фамилия закрепилась в среде народов, исторически контактировавших с русскими: у бурят, калмыков, алтайцев, реже — у сибирских татар. Географически носители фамилии чаще всего встречаются в Бурятии, Иркутской области и Забайкалье.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ев, образованных от полных имён (Иван — Иванов), здесь основа — не каноническое христианское имя, а прозвище, которое в XVI–XVII веках могло попасть в русские переписные книги, когда бурятские или монгольские роды входили в состав Российского государства. Фамилия не получила широкого распространения, что делает её «маркером» конкретного рода, скорее всего, одного из бурятских кланов (например, хоринских или селенгинских бурят).

Версия о происхождении от арабского «хан» (караван-сарай) или персидского «дарха» (смотритель) маловероятна — она не объясняет сращение корней и типичную для Центральной Азии модель сложения имён. Таким образом, Хандархаевы — потомки человека, которого в своём кочевье уважали за двойную силу: власть и ремесло.