Фамилия Хандархаев — из тех, что сразу обращают на себя внимание необычным звучанием. Её основа явно не славянская, и это главный ключ к происхождению. Фамилия образована по русской модели с помощью суффикса -ев, который присоединили к тюркскому или монгольскому имени или прозвищу Хандарха. В ономастике такие фамилии называют «полукальками»: корень чужой, а оформление — стандартное русское, указывающее на принадлежность («чей?» — Хандархаев, то есть сын или потомок Хандархи).

Самое вероятное, что в основе лежит сложное имя, составленное из двух частей. Первая часть — «хан», титул верховного правителя у тюркских и монгольских народов. Вторая часть — «дарха» или «дархан». В монгольском и бурятском языках слово «дархан» имеет несколько значений: «кузнец», «мастер», «свободный человек», а также почётный титул, дававшийся за особые заслуги (человек, освобождённый от податей). Таким образом, имя Хандарха (или Хандархан) могло означать «хан-кузнец», «хан-мастер» или «хан, имеющий статус дархана». Вряд ли речь идёт о буквальном хане — скорее, так могли назвать уважаемого, искусного мастера, который в своём деле был «как хан», или же человека, получившего от хана почётный титул дархана.

География фамилии подсказывает, что её носители — преимущественно из регионов, где исторически жили буряты, калмыки или народы Саяно-Алтая. Фамилия Хандархаев встречается в Бурятии, Иркутской области, Забайкалье, а также среди калмыков. Это не массовая фамилия, а довольно редкая, что типично для сложных составных имён, которые не превратились в сотни одинаковых прозвищ. Сравните с более частыми однокоренными фамилиями вроде Дархаев (от «дархан») или Хандаев — у них похожая модель, но другая вторая часть.

Интересная деталь: суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа имени заканчивалась на мягкий согласный или на «а» (Хандарха —> Хандархаев). Если бы имя звучало как Хандархан, фамилия, скорее всего, была бы Хандарханов. Но в реальности закрепилась форма именно с «ев», что говорит о бытовании варианта Хандарха. Социальный статус предков мог быть разным: от потомственных кузнецов (у бурят и монголов кузнецы — уважаемое сословие, часто связанное с шаманскими культами) до людей, получивших личную свободу или почётный титул. Однозначно сказать, кем был первый носитель, без генеалогического исследования нельзя, но ясно, что фамилия несёт в себе отпечаток степной аристократической или ремесленной традиции.