Фамилия Хандарова образована от мужского имени Хандар — а это, в свою очередь, усеченная форма сложносоставного имени, популярного у тюркских народов. Первая часть «хан» в таких именах означает «властитель, правитель» и нередко использовалась как пожелание силы и достоинства. Вторая часть может восходить к персидскому «дар» — «имеющий, обладающий». Получается, что имя Хандар осмыслялось как «обладающий ханской властью» или «подобный хану». Встречается и другая версия: что основа «хан» здесь не титул, а часть имени собственного, например, Хандан — «улыбающийся», которое в бытовой речи сократили до Хандар.

По модели образования фамилия относится к самому массовому русскому типу — через суффикс -ов. Она фиксирует отчество: «чей?» — Хандаров, то есть сын Хандара. Женская форма Хандарова — это грамматическая норма, а не отдельная фамилия.

Географически фамилия встречается в регионах, где веками соседствовали русские и тюркские народы: в Поволжье, на Урале, в Западной Сибири. Ее носителями могут быть как потомки татарских или башкирских мурз, принявших православие, так и русские, получившие в наследство тюркское прозвище. В дворянских родословных книгах эта фамилия не значится — скорее всего, предки были из крестьян или мещан, хотя точных сословных данных по фамилии нет.

Редкость фамилии объясняется тем, что имя Хандар не вошло в число массовых календарных имен, а значит, фамилия не получила широкого распространения через церковные записи. Она сохранилась там, где имя передавалось по семейной традиции, а не по святцам.