Фамилия Хандыкина — женская форма фамилии Хандыкин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Хандыка. В отличие от множества русских фамилий на -ов/-ев, эта фамилия имеет редкий суффикс -ин, что указывает на принадлежность: «чей сын?» — «Хандыкин», то есть сын Хандыки.

Самая правдоподобная версия — прозвище Хандыка образовано от диалектного глагола «хандыкать» или «хандычить», который в некоторых говорах означал «ковылять», «идти медленно и неуклюже», «хромать» или «шататься без дела». Человек с такой походкой или ленивым нравом легко мог получить это прозвище. Ономастический словарь Б. Унбегауна фиксирует подобные модели, где основа — глагол движения с суффиксом -ык-/-ик-.

Вторая, менее вероятная версия — связь с тюркским словом «хандык» (ров, канава), но для русского прозвища такая основа нетипична, и фамилия не имеет географической привязки к регионам с тюркским населением. Скорее всего, корень чисто славянский, звукоподражательный или описательный.

Фамилия редкая. Встречается в основном в центральных и северных областях России (Вологодская, Архангельская, Кировская области), что косвенно подтверждает её диалектное происхождение. Социально — фамилия крестьянская или посадская, без дворянской истории. В документах XVII–XVIII веков она не фиксируется среди знатных родов, что типично для прозвищных фамилий, закрепившихся в среде сельских общин.

Интересная деталь: суффикс -ин в фамилиях такого типа часто указывает на краткую форму имени или прозвища, оканчивающегося на -а/-я. Если бы прозвище звучало как Хандык (с нулевым окончанием), фамилия была бы Хандыков. Форма Хандыкин сохранила архаичную модель, что делает её более древней по словообразованию.