Фамилия Хандыкова — женская форма мужской фамилии Хандыков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с основой. В русских фамилиях суффикс -ов/-ев чаще всего указывает на принадлежность: «чей?» — Хандыков, то есть сын или потомок человека по прозвищу Хандык. Само прозвище Хандык — это почти наверняка диалектное или профессиональное слово. В северных и сибирских говорах «хандык» (или «хандых») могли называть ленивого, вялого человека, того, кто постоянно «хандырит» — хандрит, киснет, бездельничает. Связь с глаголом «хандырить» («хандрить») прямая и очевидная: такие прозвища давали за характер.

Есть и вторая версия, более редкая, но не менее правдоподобная. В некоторых областях «хандык» означало небольшой залив, заводь или протоку — слово тюркского происхождения (сравните с «хандык» — ров, канава). В таком случае прозвище могло достаться человеку, жившему у такой заводи, или рыбаку. Однако первая версия — от черты характера — встречается в ономастической литературе чаще, и на неё указывает сам звуковой облик: фамилия звучит «по-русски», с типичной для прозвищ экспрессивной окраской.

Географически фамилия Хандыковы не привязана к одной области, но заметно чаще встречается в регионах Русского Севера и Сибири — в Архангельской, Вологодской губерниях, а также в Забайкалье. Это косвенно подтверждает и диалектную версию: именно в северных говорах слово «хандык» (ленивец) было в ходу. Суффикс -ов указывает на относительно позднее оформление фамилии — скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда прозвища массово превращались в наследственные фамилии.

Сословно Хандыковы, скорее всего, крестьяне или посадские люди. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах нет, что тоже говорит в пользу народного, прозвищного происхождения. Так что предок нынешних носителей фамилии — человек, которого в деревне прозвали Хандыком за медлительность или, наоборот, за любовь посидеть без дела. Впрочем, прозвища часто давали с иронией, и не факт, что прозвище точно отражало характер — могли назвать так «наоборот», для смеха.