Фамилия Ханекова — женская форма фамилии Ханеков, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Основа здесь — «Ханек», что сразу указывает на нерусское, скорее всего тюркское или кавказское происхождение. В русской ономастике фамилии на -ов/-ев типичны для русских, украинцев и белорусов, но если основа не славянская, значит, её принесли в Россию через контакты с другими народами.

Самый прямой путь к корню — тюркское слово «хан» (правитель, князь) с уменьшительным суффиксом «-ек» (как в именах Ахмедек, Ибрагимек). «Ханек» в этом случае — ласкательная или уменьшительная форма имени или прозвища, означавшая «маленький хан», «князёк». Такие прозвища давали либо младшим сыновьям знатных родов, либо людям с властным характером, либо тем, кто служил при хане. Вторая версия, менее вероятная, — от славянского диалектного «ханька» (нечто вялое, слабое), но она не объясняет распространённость фамилии на юге России и Кавказе.

Географически Ханековы чаще встречаются в Дагестане, Чечне, а также среди тюркских народов Поволжья (татары, башкиры). Это не случайно: в этих регионах титул «хан» был в ходу до XIX века, и фамилии с корнем «хан» — одни из самых распространённых. В русских губерниях фамилия редка, и если встречается, то почти всегда у потомков выходцев с Кавказа или из Средней Азии.

Интересная деталь: суффикс «-ек» в основе указывает на то, что прозвище закрепилось за человеком ещё до того, как фамилии стали наследственными (в XVII–XVIII веках). В отличие от фамилий на «-ханов» (например, Асханов), где «хан» — часть сложного имени, «Ханеков» — это именно прозвище, превращённое в фамилию. Так что предок носителя этой фамилии, скорее всего, был не ханом, а человеком, которого в шутку или всерьёз называли «ханёк» — местный князёк, уважаемый старейшина или просто обладатель гордого нрава.