Фамилия Халекова — женская форма фамилии Халеков, и её происхождение стоит искать в двух основных версиях, которые не противоречат, а дополняют друг друга. Первая и самая вероятная: в основе лежит тюркское мужское имя Халик (или Халек), что в переводе с арабского означает «творец», «создатель». Это одно из имён Аллаха, но в мусульманских семьях его нередко давали и детям, вкладывая в имя пожелание созидательной судьбы. От такого имени фамилию образовали по стандартной русской модели с суффиксом -ов: Халеков, то есть «сын Халека». Такой способ типичен для фамилий, возникших в среде татар, башкир и других тюркских народов, которые жили в тесном контакте с русским населением и перенимали патронимическую форму на -ов/-ев.

Вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование, отсылает к прозвищу. В некоторых тюркских диалектах «халек» могло означать «измождённый», «ослабевший» или, наоборот, «хитрый», «ловкий». В таком случае фамилия закрепилась за родоначальником, получившим подобное прозвище по черте характера или внешности. Однако большинство ономастов склоняются к имени-основе, поскольку имена с религиозным значением в тюркской среде были очень популярны.

Географически фамилия Халекова встречается преимущественно в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это подтверждает её связь с татаро-башкирским антропонимиконом. Встречается она и у казахов (в форме Халеков), но русский суффикс -ова в женском варианте однозначно указывает на то, что фамилия оформлена уже в русской грамматической традиции.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии Халековы, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а не дворянами: в ревизских сказках и списках купцов эта фамилия не фигурирует как родовая. Но это не делает её «простой» — напротив, она хранит память о человеке, которого назвали в честь Творца, что говорит о глубокой религиозности его родителей.