Фамилия Ханиян — редкий пример, когда в основе, скорее всего, лежит не славянское имя или прозвище, а тюркское или арабское личное имя. Если отбросить типичный для русского языка суффикс принадлежности -ян (который в южнорусских и украинских фамилиях часто заменяет общеславянские -ов/-ев), то корень «Хани» выводит нас к имени Хани (или Хания). В арабском языке это имя означает «счастливый», «довольный», «радостный», а в тюркских языках (например, татарском или башкирском) оно также бытует в формах Хани, Хания, Ханя.

Таким образом, Ханиян — это патронимическая фамилия, то есть «потомок Хани». Интересна здесь именно модель образования. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ин, фамилии на -ян в центральной России редки и часто указывают на южное или восточное происхождение носителя. В данном случае суффикс -ян мог закрепиться у переселенцев из регионов, где были распространены тюркские имена, — например, в среде поволжских татар, башкир или у армян, у которых этот суффикс является основным фамильным показателем. Впрочем, для армянской фамилии основа «Хани» нетипична, а вот в татарской среде имя Хания встречается часто, и фамилия могла возникнуть при переходе на русскую систему именования.

Другая версия, менее вероятная, но возможная: связь с диалектным русским словом «ханя» — так в некоторых говорах называли неряху, ротозея или попрошайку. Однако фамилии от таких прозвищ (Ханин, Ханихин) встречаются, но суффикс -ян для них нехарактерен: он скорее указывает на «выходца из семьи», а не на личное качество. Поэтому версия с именем Хани выглядит убедительнее.

Встречается фамилия Ханиян в основном на юге России, в Поволжье и в Закавказье, что подтверждает её восточные корни. Носители этой фамилии — потомки людей, носивших имя Хани, и их родословную стоит искать в среде тюркских народов, где это имя было распространено.