Фамилия Ханкаев — редкий случай, когда географический и этнический след просматривается почти сразу, но не в русской, а в кавказской среде. Её носители — в основном чеченцы, ингуши и народы Дагестана. Основа фамилии — личное имя Ханка, которое на Кавказе не редкость. Оно образовано от тюркского «хан» (властитель, князь) с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ка, характерным для обиходной речи многих народов региона. Таким образом, Ханка — это «маленький хан» или просто ласковое прозвище для мальчика, которому родители желали власти и достоинства.

Русский суффикс -ев в окончании указывает на способ оформления фамилии по русской модели «чей?» — Ханкаев буквально означает «сын Ханки» или «из рода Ханки». Это типично для народов Северного Кавказа, чьи фамилии в XIX–XX веках записывались в документах по русскому образцу, с добавлением -ов/-ев к местным именам. В чеченском языке, например, аналогичная фамилия звучала бы как Ханкаев-н (с родовым окончанием), но в паспортах закрепилась именно русская форма.

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть в среде русских казаков или крестьян, столкнувшихся с тюркским прозвищем Ханкай (от того же «хан»). Однако массовое бытование Ханкаевых именно на Кавказе, особенно в Чечне и Ингушетии, говорит в пользу первой гипотезы. В русских переписных книгах XVI–XVII веков эта фамилия не встречается — её нет в словарях Веселовского или Тупикова, что косвенно подтверждает её позднее и нерусское происхождение.

В современной России фамилия Ханкаев остаётся локальной, чаще всего встречается в Чеченской Республике и среди выходцев из неё. Анализ словообразовательной модели показывает: перед нами не ремесленное или сословное прозвище, а патроним, образованный от личного имени с выраженным тюркским корнем. Носитель этой фамилии — почти наверняка потомок человека по имени Ханка, жившего, скорее всего, в горных или предгорных районах Кавказа.