Фамилия Ханхареев — одна из тех, где на стыке слышны два мира: тюркский корень и русский суффикс. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому имени или прозвищу Ханхарей. Первая часть «хан» здесь — не обязательно титул правителя; в составе сложных имён у тюркских народов (особенно у башкир, татар, казахов) «хан» могло быть усилительным компонентом, означавшим «главный», «большой» или просто благопожелательным элементом, как в именах Ханмурза, Хансултан. Вторая часть «харей» — более тёмная. Можно предположить, что это искажённое «харый» (от араб. «хари» — «уважаемый», «почтенный») или местный диалектный вариант.

Обратите внимание на суффикс «-еев». В русской фамильной модели это не самый частый вариант, но он встречается в фамилиях, образованных от основ на мягкий согласный или на «-ей». Стандартный патроним (сын такого-то) от имени Ханхарей дал бы форму Ханхареев — буквально «сын Ханхарея». Если бы основа звучала как Ханхар, мы бы получили Ханхаров. Выбор суффикса «-еев» вместо «-ов» — лингвистическая улика, указывающая, что имя-предок заканчивалось на «-ей» или «-ай» и произносилось с мягким финалом.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где веками шло смешение русского и тюркского населения: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, от названия конкретного рода или селения. В документах XIX века носители такой фамилии могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми из «инородцев», принявшими православие и получившими фамилию по отцу.

Есть и менее вероятная, но не исключённая версия: связь с калмыцким или монгольским «хан хар» — «чёрный хан» (как прозвище по цвету волос или суровому нраву). Но тогда фамилия скорее писалась бы как Ханхаров или Ханхараев, поэтому версия с личным именем Ханхарей остаётся основной. В любом случае, Ханхареев — это фамилия-отчество, которая крепко привязана к одному конкретному предку, носившему составное тюркское имя.