Фамилия Ханмурадов — тюркская по происхождению, образованная по русской модели на -ов, что типично для народов бывшего СССР, принявших русскую патронимическую систему в XIX–XX веках. В основе лежит сложное личное имя Ханмурад, распространённое у туркмен, узбеков, каракалпаков и отчасти у татар. Первая часть — «хан» (тюркское «владыка, правитель»), вторая — «мурад» (арабское «желание, цель, воля»). Вместе имя означает «желанный хан» или «хан, которого желали» — типичный для восточного именослова комплиментарный составной антропоним, где ребёнка нарекали с пожеланием ему власти и почёта.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Ханмурадов буквально значит «сын (или потомок) Ханмурада». В отличие от фамилий на -ин, которые в тюркской среде встречаются реже, -ов стал стандартным окончанием для большинства фамилий, оформленных в советское время при паспортизации. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Ханмурадóв, хотя в устной речи возможны колебания.

Сословно фамилия не маркирована: носителями имени Ханмурад могли быть и потомки местной знати (ханские родственники), и простые люди, получившие имя как благопожелательное. В Туркменистане и Узбекистане фамилия встречается часто, в России — значительно реже, в основном среди выходцев из Средней Азии. Письменных упоминаний в дореволюционных источниках почти нет, так как фамилии у туркмен и узбеков закрепились поздно, а в русских документах фиксировались обычно по отчеству.

Из однокоренных параллелей — фамилии Ханмуратов (с тем же корнем, но с другим суффиксальным вариантом), а также Мурадов и Ханмурзаев. Разница в суффиксе -ов/-ев не меняет смысла, а варьируется по региональным традициям записи.