Фамилия Ханочкин — редкий пример, когда основа угадывается легко, а вот её происхождение ведёт сразу в несколько сторон. В центре фамилии лежит имя или прозвище Хана, Ханочка. Суффикс -кин (в твёрдом варианте -чин, а после смягчения — -чкин) указывает на принадлежность: Ханочкин буквально значит «сын Ханочки» или «человек из семьи Ханочки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от уменьшительных форм крестильных имён.

Самая прямая версия — от канонического имени Иоанн (в бытовом произношении Иван). В южнорусских и украинских говорах это имя давало формы Хан, Хана, Ханочка. Если так, то Ханочкин — один из множества «Ивановых», только через неочевидную фонетическую ветку. Подтверждение этому — фамилия Ханов, которая встречается в тех же регионах и имеет ту же основу.

Вторая версия отсылает к тюркскому слову «хан» — правитель, владыка. В русских документах XVI–XVII веков прозвище Хан встречалось у людей самых разных сословий, и не обязательно знатного происхождения. Так могли назвать властного, гордого человека или того, кто служил в ордынских землях. Тогда Ханочка — уменьшительная форма этого прозвища, а Ханочкин — «внук Ханочки». Эта версия правдоподобна, но менее вероятна: фамилии на -чкин от тюркских основ встречаются реже, чем от славянских имён.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. В переписях XIX века Ханочкины фиксировались в Воронежской, Курской и Харьковской губерниях — как раз в зоне смешения русских и украинских говоров, где имя Иван давало формы Хан, Хана. Встречается фамилия и у донских казаков, что тоже подтверждает южное происхождение.

Отдельно стоит сказать о написании. Форма Ханочкин (через «о») — единственно верная для русской орфографии. Вариант Ханычкин (через «ы») — возможная, но не закрепившаяся диалектная запись. В дореволюционных метрических книгах изредка писали Ханочкiнъ, но корень оставался тем же.

Таким образом, Ханочкин — фамилия-патроним, скорее всего, от уменьшительной формы имени Иван через диалектную ступень. Носитель этой фамилии может с равной вероятностью вести род от крестьянина или казака южнорусских губерний, а его предок в XVI–XVII веках звался просто Ханочкой.