Фамилия Ханоева звучит для русского уха необычно, и это объяснимо: её основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или кавказская. В русском языке фамилия выглядит как притяжательное прилагательное, образованное по модели «чей?» с помощью суффикса -ев. Однако корень «Ханой» не имеет прямого отношения к столице Вьетнама — такое совпадение случайно.

Наиболее вероятное происхождение — от мужского имени или прозвища Ханай (или Ханой) в тюркских языках. В них «хан» означает «правитель, владыка», а уменьшительный или ласкательный аффикс -ай/-ой придаёт имени форму вроде «князёк» или «ханчик». Так могли называть не только знать, но и просто уважаемого, властного человека, либо ребёнка в богатой семье. В осетинском языке существует имя Ханай (Хъанай), что подтверждает северокавказский след. Фамилия Ханоева, таким образом, — это «принадлежащая потомкам Хана» или «дочь/жена Хана».

Географически фамилия встречается преимущественно на Северном Кавказе, особенно в Северной Осетии и среди ингушей. В осетинской среде фамилии на -ев типичны для дигорцев, а в ингушском — это один из распространённых суффиксов. Встречается и вариант Ханоев (мужская форма). Социально носители фамилии, вероятно, относились к свободным общинникам или к военно-служилому сословию, а не к крепостным, так как «хан» в имени указывает на высокий статус.

Вторая, менее вероятная версия — топонимическая. Если предки жили в селении или урочище с названием Ханой (например, в Дагестане есть село Ханой, ныне Ханаг), то фамилия могла означать «пришелец оттуда». Но в таком случае ожидался бы суффикс -ский, а не -ев, поэтому версия с личным именем остаётся основной.