Фамилия Ханташкеев — редкий пример, когда за необычным звучанием стоит не тюркское, а, скорее всего, монгольское или калмыцкое происхождение. Она образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединили к основе, оканчивающейся на согласный. Если бы фамилия была тюркской, мы бы ожидали суффикс -ов, но здесь именно -ев, что типично для фамилий, возникших в регионах с сильным калмыцким или бурятским влиянием.

В основе лежит личное имя или прозвище Ханташке (или Ханташка). Первая часть, «хан», в степных языках означает «владыка», «князь» или «правитель». Вторая часть, «таш» — это камень (в тюркских языках) либо, что вероятнее для калмыцкого, искажённое «ташк» — «счастливый», «благополучный». Таким образом, исходное имя могло означать «каменный хан» (как символ твёрдости и власти) или «счастливый правитель». Менее вероятна, но возможна версия, что Ханташке — это уменьшительная форма от имени Хан, с добавлением тюркского суффикса -аш.

Географически фамилия почти наверняка привязана к территориям, где исторически кочевали калмыки — Астраханская область, Калмыкия, а также к районам Оренбуржья и Забайкалья, где жили буряты. В документах XIX века такую фамилию могли получить выходцы из калмыцких улусов, переходившие на оседлость и принимавшие православие. При крещении им давали русские имена, а родовое имя Ханташкеев закрепляли как фамилию.

Особенность фамилии в том, что она почти не встречается за пределами указанных регионов. Это не московская дворянская фамилия и не крестьянская из центральной России. Её носители — потомки степных воинов или скотоводов, чьё прозвище подчёркивало либо знатное происхождение, либо личную доблесть. В современном русском языке фамилия звучит экзотично, но её структура полностью подчиняется правилам русской грамматики: склоняется по падежам, а ударение, судя по аналогиям (Ханташке́ев), падает на третий слог.

Иных версий, кроме монгольско-калмыцкой, у фамилии нет. Попытки связать её с тюркским «ханташ» (кровный брат) или славянским «ханты» (народ ханты) лингвистически несостоятельны — в первом случае мешает суффикс, во втором — отсутствие исторических контактов.