Фамилия Хаташкеев — редкий случай, когда географическая привязка важнее, чем прозрачная этимология основы. Судя по суффиксу -ев, фамилия образована от прозвища или имени Хаташкей, которое, скорее всего, имеет тюркское происхождение. В тюркских языках корень «хата» может означать «ошибка», «недостаток», но в составе личного имени или прозвища он чаще встречается в значении «отец» (от арабского «хаттаб» — проповедник, или «хата» как вариант «ата»). Вторая часть — «шкей» — может быть уменьшительным или уничижительным суффиксом, характерным для диалектов кавказских татар (кумыков, ногайцев) или башкир.

Более правдоподобная версия связывает фамилию с калмыцким или монгольским «хата» — «скала», «камень», а «шкеев» — как искажённое «шки» (крепкий, твёрдый). Тогда Хаташкеев — потомок человека по прозвищу Каменный, Крепыш. Однако суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилии, что типично для крещёных инородцев или казаков, которые часто адаптировали местные прозвища в официальные фамилии.

Фамилия практически не встречается за пределами юга России — единичные носители зафиксированы в Ростовской области и Ставропольском крае. Это позволяет предположить, что предки Хаташкеевых могли быть донскими или терскими казаками, либо крестьянами, переселившимися с Кавказа в XIX веке. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые часто образуются от церковных имён, Хаташкеев сохраняет бытовое прозвище, не связанное с православным календарём, что говорит о недавнем (по историческим меркам) переходе носителей в русскую культурную среду.