Фамилия Хапаян — редкий случай, когда географический и языковой след почти не оставляет сомнений в происхождении. Это фамилия армянского корня, и её разбор стоит начать не с морфологии, а с ареала: подавляющее большинство носителей живёт на юге России, в Краснодарском крае, Ставрополье и Ростовской области — регионах, где исторически сложились крупные армянские общины. В самой Армении фамилия тоже встречается, но реже, что типично для фамилий, «вывезенных» диаспорой.

Основа хапа- восходит к армянскому слову «хап» (խափ) — «препятствие», «преграда», «заслон». В сочетании с суффиксом -ян, который в армянской модели означает «принадлежащий к роду» или «сын такого-то», Хапаян буквально переводится как «потомок того, кто ставит преграду» или «сын преграды». Прозвище Хапа мог получить человек упрямый, несговорчивый, тот, кто «встаёт на пути» — или же, в более конкретном смысле, ремесленник, делавший заслоны, ворота, запоры. Работа с деревом и кузнечное дело в армянских общинах часто давали подобные прозвища.

Интересно, что в русской записи фамилия сохранила армянский суффикс -ян, а не адаптировалась к славянским -ов или -ин. Это говорит о сравнительно позднем появлении носителей в русскоязычной среде, вероятно, в XIX — начале XX века. В отличие от фамилий на -янц или -янц, которые могли обрусеть через окончание -цев, Хапаян осталась без изменений — возможно, потому, что её основа не была понятна русскому уху и не переосмыслялась.

Встречаются единичные варианты написания — Хапайян (с удвоенной «й»), но это скорее ошибка паспортистов, чем самостоятельная форма. С точки зрения ударения, в русском языке фамилия обычно произносится с ударением на последний слог — Хапая́н, что соответствует армянской норме. Никаких дворянских ветвей или старых русских родов под этой фамилией не зафиксировано — это однозначно фамилия армянского происхождения, занесённая в Россию переселенцами.