Фамилия Харачоев почти наверняка ведет начало от названия старинного чеченского села Харачой. В пользу этого говорит не только прозрачность корня, но и то, что в русской записи фамилий, образованных от географических названий, суффикс -ев часто закреплялся в формах на -оев, -аев, -уев. Харачой — один из крупных и известных тейпов в Чечне, а фамилия Харачоев, по сути, указывает на принадлежность к этому тейпу или выходца из этого села. Таким образом, перед нами типичная топонимическая фамилия, каких много у народов Кавказа: человек получал фамилию по месту, откуда был родом его род.

Разбор словообразовательной модели подтверждает эту версию. Основа «Харачой» превратилась в «Харачоев» по законам русской грамматики при оформлении фамилий в официальных документах XIX — начала XX века. Суффикс -ев здесь не несет значения принадлежности отцу (как в русских фамилиях типа Петров), а служит грамматическим окончанием, которое пришлось на место чеченского окончания -ой. Если бы фамилия образовывалась напрямую от прозвища или имени, суффикс выглядел бы иначе, но здесь именно привязка к топониму.

Сам топоним Харачой, по наиболее убедительной версии, восходит к чеченскому «хара» — «черный» и «чой» — суффикс места. То есть «черное место» или «черный овраг». Такое название могло быть связано с темными породами гор или густым лесом. Встречается и версия, что «хара» означало «колючий кустарник», что тоже логично для горной местности. В любом случае, значение уходит в описание ландшафта, а не в личные качества предка.

Фамилия Харачоев — нечастая за пределами Чечни и Ингушетии, и это еще один аргумент в пользу ее четкой региональной привязки. В отличие от фамилий, разошедшихся по всей России, она сохраняет локальный характер. Носители фамилии — потомки людей, которые, скорее всего, были коренными жителями Харачоя, занимались скотоводством, земледелием или ремеслом, типичным для горного аула. Никаких следов дворянского или иного сословного происхождения у этой фамилии нет — она сугубо народная, патронимическая по форме, но топонимическая по сути.