Фамилия Харапут — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, а значит, её корни, скорее всего, не в центральной России, а на окраинах или в иноязычной среде. Первое, что бросается в глаза, — это основа «хара», которая в тюркских языках означает «чёрный» (сравните с татарским «кара» или казахским «кара»). Второй компонент «пут» можно трактовать как искажённое «пут» (путь) или как часть сложного прозвища. Самая вероятная версия: Харапут — это русифицированная форма тюркского прозвища, например, «Карапут» или «Карапут», где «кара» — чёрный, а «пут» — возможно, от диалектного «пут» (узел, петля) или имени собственного. Такое прозвище могли дать человеку с тёмными волосами или смуглой кожей, либо носившему тёмную одежду.

Словообразовательная модель указывает на то, что фамилия не прошла через стандартную русскую суффиксацию. В отличие от фамилий на -ов (Харапутов), она сохранила исходную форму прозвища. Это типично для украинской или южнорусской традиции, где фамилии на согласный (без суффикса) встречаются чаще, а также для фамилий, записанных в документах «как слышали» от переселенцев. Встречаемость фамилии крайне низкая, и основные её носители зафиксированы в Краснодарском крае и на юге Украины — регионах, где исторически смешивались славянское и тюркское население. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от прозвища, связанного с внешностью, а не с профессией.

Вторая, менее правдоподобная гипотеза — связь с немецким или еврейским языком. Фамилия могла возникнуть из варианта фамилии Харапут (от идиш «хара» — гнев, или немецкого «Hara» — как вариант написания), но такая трактовка не находит серьёзной опоры в ономастических словарях. Более вероятно, что перед нами пример народной этимологии: когда редкое тюркское слово переосмыслили под русское «харапут» (в диалектах — неопрятный, неряшливый человек). В словаре В. Даля «харапутный» означает «беспутный, непутевый, разгильдяй», что могло закрепиться как прозвище, а затем и фамилия. Таким образом, у фамилии Харапут два возможных источника: либо тюркское «чёрный» в сочетании с прозвищной частью, либо русское диалектное слово с негативной окраской. Выбор между ними зависит от региона происхождения конкретной семьи — если предки жили в казачьих областях, тюркская версия весомее.