Фамилия Харчуткин образована от прозвища Харчутка, и в её основе лежит сразу несколько возможных значений, которые стоит разобрать по порядку. Первая версия отсылает к диалектному глаголу «харчать» — в вологодских и сибирских говорах он означает «хрипеть». Тогда Харчуткой называли человека с хриплым, надтреснутым голосом, и прозвище носило чисто физиологический характер, как и многие другие русские фамилии, закрепившиеся за внешними приметами.

Однако более интересная версия связана с «харчами» — так в старину называли съестные припасы, еду, продовольствие. В этом случае прозвище Харчутка могло относиться к человеку, который заведовал кладовой или чуланом, где хранились харчи. Такой человек отвечал за провизию, распределял её, и его прозвище отражало род занятий, а не характер. Но тут есть и оборотная сторона: «харчи» в переносном смысле могли говорить о том, кто сорил деньгами, жил на широкую ногу и бросал средства на ветер, то есть о транжире и праздном человеке. В народной речи такая двойственность встречается часто: одно и то же слово могло закрепиться и за бережливым ключником, и за мотом, в зависимости от того, как на него смотрели соседи.

Суффикс -утк- в прозвище Харчутка придаёт ему уменьшительно-ласкательный или, скорее, ироничный оттенок — так могли звать человека неофициально, в кругу своих, с лёгкой усмешкой. Сама модель образования фамилии простая и типичная для русских фамилий: прозвище Харчутка, оканчивающееся на -а, дало форму притяжательного прилагательного с суффиксом -ин, то есть «чей?» — Харчуткин, означающее «сын Харчутки». Такая схема характерна для северных и центральных русских земель, где фамилии на -ин столь же распространены, как и на -ов.

Стоит отметить, что прозвища, связанные с едой и голосом, в русской ономастике не редкость, но именно сочетание «харчать» и «харчи» создаёт любопытную смысловую вилку. Если первая версия говорит о хрипуне, то вторая — о человеке, имевшем отношение к продовольствию, будь то заведующий припасами или, наоборот, расточитель. Правдоподобнее выглядит связь с харчами как с едой: она даёт более конкретную бытовую основу, тогда как «харчать» — глагол узкодиалектный и мог бы породить скорее прозвище Харча или Харкун, а не Харчутка.

Потомок человека с таким прозвищем со временем получил фамилию Харчуткин, и она закрепилась за родом, сохранив в себе память о том, кем был её первый носитель — хриплоголосым говоруньем, запасливым хозяином кладовой или же тем, кто не держал денег в кармане.