Фамилия Харчина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Харчин. Она образована по простейшей русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Харчина означает «дочь (или жена) Харчина». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у потомков по мужской линии, -ин — такой же древний и распространенный патронимический суффикс, особенно типичный для северных и центральных областей России.

Корень фамилии — прозвище или нецерковное имя Харч. В русских говорах слово «харч» означало еду, провизию, съестные припасы. Человека могли прозвать Харчом за любовь к сытной еде, за то, что он хорошо кормил работников, или, напротив, за скупость и прижимистость в еде. В словаре В. И. Даля «харч» — это «пища, еда, продовольствие, особ. мясная и хлебная». Прозвища от названий пищи — явление нередкое: ср. Борщ, Каша, Пирог, Сметана. Все они давались по внешности, привычкам или роду занятий.

Вполне вероятна и профессиональная версия. Харчом в некоторых регионах называли мелкого торговца съестным или кормильца артели — того, кто ведал закупкой продуктов и приготовлением еды. В этом случае предок мог быть не просто носителем прозвища, а человеком с определенной хозяйственной ролью: артельным харчевиком, кашеваром или владельцем харчевни.

Стоит различать фамилию Харчина с ударением на первый слог (Ха́рчина) и фамилию Харчина́ с ударением на последний — в последнем случае корень, скорее всего, иной: от имени Харчо́ (уменьшительное от Харитон) или от украинского «харч» в значении «кусок, ломоть». Но для русской фамилии Харчина нормативным считается ударение на первый слог, и связь с едой и пропитанием — самая прямая и логичная.

Однокоренные фамилии — Харчев, Харчевников, Харчиков, Харчёнков. Все они происходят от того же корня, но различаются суффиксами и географией бытования. Харчина — одна из самых прозрачных по смыслу русских фамилий: за ней стоит конкретное бытовое прозвище, которое в XVI–XVII веках закрепилось за крестьянами и посадскими людьми, а затем, после отмены крепостного права, перешло в разряд наследственных фамилий.