Фамилия Харченка — украинская по происхождению, и её разговорная форма сразу выдаёт южную, «черкасскую» или «полтавскую» природу. В литературном украинском языке она звучала бы как Харченко, но в бытовой речи и в некоторых документах XIX века, когда фамилии записывали на слух, часто закреплялся вариант с окончанием -а. Это не ошибка, а диалектная черта: в восточных и центральных говорах Украины фамилии на -енко могли произносить и писать с мягким окончанием, особенно если человек был из крестьян или казаков.

Основа фамилии — имя Харько, народная форма крестильного имени Харитон (от греч. «харис» — милость, благодать). В украинской среде Харитон превращался в Харька, а от него по патронимической модели образовали Харченко: «чей?» — «Харченков сын», то есть сын Харька. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках был главным маркером украинской фамилии, особенно в казацкой среде, и означал прямую родственную связь: так называли детей, внуков, а затем и целые роды.

Географически фамилия Харченка (и её вариант Харченко) плотно сидит на Левобережной Украине — в Черниговской, Полтавской, Харьковской областях. В российских переписях XIX века носители с таким написанием встречаются реже, но если попадаются, то почти всегда среди переселенцев из Малороссии. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые распространялись через московское делопроизводство, Харченка осталась в народной записи и не прошла «обрусение» окончания.

Редкая деталь: в старых метрических книгах иногда писали «Харченко» в родительном падеже как «Харченка» (кого? — сына Харченка), и это могло перейти в фамилию при фиксации. Так что у некоторых семей форма на -а — это застывший падеж, а не вариант произношения. Спор между «Харченко» и «Харченка» не имеет смысла: обе формы восходят к одному корню, но вторая — более живая, разговорная, менее канцелярская.