Фамилия Харменкин — редкий случай, когда иноземное имя спряталось за привычным русским суффиксом. Основа здесь не славянская, а немецкая: сокращённая форма имени Герман, которое в русской традиции звучало как Харман. В немецких диалектах начальное «г» нередко переходило в «х» (сравните с фамилией Хартман), и это закрепилось в документах переселенцев или военнопленных, осевших в России.

Модель образования проста: к основе Харменк- (вариант с «е» вместо «а» мог возникнуть под влиянием южнорусского «яканья» или просто искажения в записи) добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин. Получается «сын Харменка» или «человек из семьи Харменка», где Харменко — это уже украинская или белорусская форма того же имени с уменьшительным суффиксом -енк(о). Так что перед нами фамилия со сложной миграцией: немецкое имя, адаптированное через малороссийскую речь, а затем обрусевшее с помощью окончания -ин.

Встречается Харменкин почти исключительно в южных и центральных областях России, где в XVIII–XIX веках селили иностранных колонистов. Носители фамилии, скорее всего, потомки тех, кто служил в армии или работал на заводах — немецкое происхождение часто стиралось уже во втором поколении, когда дети переходили на русский язык и получали православные имена. Аналогичные фамилии — Харламов (от Харлампий) и Харченко — имеют другую этимологию, но Харменкин стоит особняком: это не греческое церковное имя и не прозвище от «харя», а прямой след немецкого Германа, записанного на слух.

Спорных версий здесь почти нет: связь с устаревшим словом «харм» (вред, колдовство) или с английским «harm» (вред) — это ложные созвучия, которые не подтверждаются ни историей фамилии, ни географией её распространения. Корень уходит именно в личное имя, и это самый надёжный путь.