Фамилия Хармышев — одна из тех, что заставляют задуматься о фонетике и диалектах. На первый взгляд корень «харм» вызывает ассоциации с чем-то неблагозвучным, но в ономастике первое впечатление часто обманчиво.

Скорее всего, основа фамилии — не литературное слово, а диалектное или искажённое личное имя. Наиболее правдоподобная версия: Хармышев образован от прозвища Хармыш, которое, в свою очередь, восходит к имени Харлампий (разговорная форма — Харлам, Харлашка). В южнорусских и украинских говорах звук «л» перед согласными нередко переходил в «р» или выпадал, а «п» могло смягчаться до «м». Так Харлампий через цепочку Харлам → Харламый → Хармыш дал фамилию. Имя Харлампий греческого происхождения, означает «сияющий радостью», и в православных святцах оно почитается.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с тюркским корнем «харм» (или «керм») — «червивый», «гнилой». В этом случае прозвище Хармыш могли дать человеку с неопрятной внешностью или, напротив, в качестве охранительного имени (чтобы злые силы не позарились на ребёнка). Однако для фамилий на -ев такая основа нетипична, а в славянской среде тюркские прозвища чаще заканчивались на -ак, -ка, -ай.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: сын Хармыша. Это типичная модель для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей не ранее XVI–XVII веков. Фамилия редкая, её очаги, вероятно, находятся в регионах, где смешивались русское и украинское население — например, в Курской, Белгородской или Воронежской областях. В дореволюционных переписях Хармышевы могли записываться и как Харламовы или Харламповы, если связь с каноническим именем осознавалась.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду однокоренных, но не родственных: Харламов, Харлашкин, Харлампьев. Все они — от одного источника, но Хармышев — самый фонетически изменённый вариант. Это делает его не ошибкой писаря, а живым свидетельством народной переработки книжного имени.