Фамилия Харнаев — хороший пример того, как на первый взгляд неочевидная основа может раскрыться через географию и словообразовательные параллели. В ней легко читается тюркский след, но вопрос в том, какой именно.

Самый прямой путь — от тюркского личного имени Харнай. Оно составное: «хар» (почётный, уважаемый, старший) и «най» (в разных тюркских языках — «свадьба», «пир» или «родственник по жене»). Таким образом, Харнай могло означать «почётный родственник» или «старший на пиру». Имя встречается у башкир, татар, казахов, и именно из этой среды фамилия Харнаев, скорее всего, и пошла. Суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилии (чей? — Харнаев), что типично для фамилий тюркского происхождения, вошедших в русский обиход.

Есть и другая, более редкая версия. В некоторых говорах русского севера «харнай» — диалектное слово, означающее «ворчун» или «брюзга». В этом случае фамилия могла возникнуть независимо от тюркского имени, как прозвище по характеру. Но эта гипотеза слабее: во-первых, слово плохо зафиксировано в словарях, во-вторых, фамилия с таким корнем почти не встречается в северных регионах России, зато распространена в Поволжье и на Урале — в зоне активных тюрко-славянских контактов.

Стоит обратить внимание на написание. Фамилия Харнаев — с буквой «Х» в начале. Если бы основа была от русского слова «харя» (лицо, морда), мы бы ждали формы Харяев или Харьев. Но здесь твердый корень «харн-», что тоже говорит в пользу тюркского происхождения: в тюркских языках звук «х» в начале слова — обычное дело, а в русских прозвищах от «хари» он встречается реже и даёт другие суффиксы.

В целом, наиболее вероятно, что предки носителей фамилии Харнаев — тюркоязычные народы (башкиры или татары), а сама фамилия образовалась от имени Харнай, которое давали мальчику как пожелание уважения и почёта в роду.