Фамилия Харнаева — женская форма, а её мужской вариант, Харнаев, образован по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ев. Этот суффикс присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — Харнай (или Харной), что сразу выводит нас на тюркские корни.

Прозвище Харнай (Харной) с большой вероятностью восходит к тюркскому слову «хар» — снег, и «най» — господин, начальник, или же к диалектному «харнай» — снежный, белый. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, такие сложные прозвища были обычны: человека могли назвать по внешнему признаку (белый, как снег) или по социальному положению (снежный господин — метафора холодного, неприступного человека). Вторая версия, менее правдоподобная, связывает фамилию с калмыцким «хар» — чёрный, и «най» — друг, товарищ, что давало бы значение «чёрный друг». Но учитывая географию фамилии, первая версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия Харнаева не разбросана по всей России, а локализована в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это зона активного тюркско-русского пограничья, где фамилии с основой на -най (ср. Сарнаев, Арнаев) встречаются часто. Значит, предки носителей фамилии были, скорее всего, татарами или башкирами, которые в XIX — начале XX века получали русские фамилии через суффиксацию своих прозвищ.

Примечательно, что фамилия Харнаева почти не встречается в центральных и северных русских губерниях. Это говорит о том, что она не была занесена туда переселенцами, а осталась в зоне своего формирования. Таким образом, если вы носите фамилию Харнаева, ваши предки — выходцы из тюркской среды Приуралья или Заволжья, которых прозвали Харнаем, вероятно, за светлый цвет волос или кожи, либо за холодный, независимый характер.