Фамилия Харина чаще всего отчественная: её образовали от уменьшительной формы Харя, которая в старину служила обиходным вариантом крестильного имени Харитон. В переводе с греческого это имя значит «щедрый», «осыпающий милостями». Так что буквальный смысл фамилии — «дочь или жена Хари». Поскольку Харя — просторечная, домашняя форма, а не церковная, можно предположить, что основатель рода вышел из рабочей или крестьянской среды: в этой среде полные имена в быту почти не использовали, заменяя их короткими производными.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Харина — «из семьи Хари». Такая модель типична для фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я. Интересно, что ударение в фамилии плавающее: одни семьи произносят Хáрина, другие — Харинá, и оба варианта допустимы, хотя словари обычно фиксируют ударение на первом слоге.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но живучая. Согласно ей, фамилия связана с городом Харьковом. Предание гласит, что город назван по имени первопоселенца — казака Харитона, которого звали Харько. Тогда Харина — указание на то, что предок происходил из Харькова или его окрестностей. Однако лингвистически такая версия слабее: суффикс -ин редко образует фамилии от названий городов, для этого чаще используют -ский (Харьковский). Поэтому основным всё же стоит считать происхождение от личного имени.

В документах фамилия встречается с XVI–XVII веков, когда у русских крестьян и посадских людей начали закрепляться наследственные прозвания. Сначала писали «Харин сын», затем «Харин» — и уже от мужской формы естественным образом возникла женская Харина. Родственных фамилий много: Харитонов, Харитохин, Харьков, Харламов — все они выросли из одного корня, но разными путями. Харитонов сохранил полное имя, а Харина — самую короткую, разговорную его ступень.

Сейчас фамилия не редкая, но и не массовая: она встречается по всей России, чаще в центральных областях и Поволжье. Носительниц с ударением на первом слоге больше, но в некоторых семьях традиционно говорят Харинá — и это не ошибка, а семейная норма.