Фамилия Харинин образована от имени Хариня, которое в русской традиции — просторечная форма канонического имени Харитон. В свою очередь, Харитон (от греческого charis — «милость», «благодать») дало множество производных: Харитонов, Харя, Харин, Харитоша, и в их ряду — Хариня. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Харинин буквально значит «чей?» — сын Харини, потомок человека, которого в быту звали Хариней.

Интересная деталь: форма Хариня — не единственная уменьшительная от Харитона. В северных и центральных говорах России чаще использовали Харя (отсюда фамилия Харин), а на юге и в Поволжье — Хариня. Фамилия Харинин встречается заметно реже, чем Харин, и это делает её маркером определённого ареала. Если обратиться к данным переписей XIX века, основное гнездо фамилии — бывшая Рязанская губерния, особенно Скопинский и Раненбургский уезды. Там имя Хариня было в ходу у крестьян и мещан, и фамилия закрепилась именно в этой локальной среде.

Словообразовательная модель проста: основа Харин- (от Хариня) плюс типичный русский притяжательный суффикс -ин. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто возникали от полных форм имени (Харитонов), -ин чаще давали от прозвищных и уменьшительных вариантов. Поэтому Харинин — не «сын Харитона», а именно «сын Харини», то есть потомок человека, которого звали по-домашнему, по-семейному.

В некоторых говорах слово «харя» означало не только лицо, но и маску, личину, однако для фамилии Харинин эта связь маловероятна. Ономасты (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») прямо относят Харинина к группе фамилий от христианских имён через уменьшительные формы, без какого-либо прозвищного подтекста. Так что предки носителя фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по имени деда, которого в обиходе звали Хариня.