Фамилия Харихин образована по редкой и архаичной модели. В её основе лежит каноническое имя Харитон (от греческого «харис» — милость, благодать). Но если большинство русских фамилий от этого имени пошло по стандартному пути — Харитонов, Харитошин, Харитонычев, — то Харихин демонстрирует иной механизм. Здесь мы видим не суффикс притяжательности -ов или -ин, а древнюю патронимическую форму на -ихин. Сначала от имени Харитон образовали краткую обиходную форму Харя или Харята, а от неё — прозвание Хариха. В говорах суффикс -иха указывал на принадлежность к женщине или, что вероятнее в данном случае, на прозвище по отцу: Хариха — это «сын Хари». Фамилия Харихин буквально значит «чей?» — «Харихин сын», то есть потомок человека по прозвищу Хариха.

Географически фамилия тяготеет к северорусским и сибирским областям. Формы на -их(ин) типичны для архангельских, вологодских, вятских говоров, откуда они распространились с переселенцами за Урал. В центральных и южных регионах России такое окончание почти не встречается: там предпочли бы Харитонов или Харичев. Это делает Харихина маркером определённого ареала — Русского Севера или старообрядческих анклавов.

Существует и альтернативная версия, менее вероятная: связь с корнем «харя» (лицо, рожа). Но в этом случае фамилия звучала бы как Харин или Харькин. Суффикс -ихин при прозвищной основе «Харя» дал бы не Харихин, а Харихин — с двойным «и», что маловероятно. Поэтому ономасты (с опорой на словарь Б. Унбегауна) склоняются к версии от Харитона через промежуточную форму Хариха.

Социальный статус первых носителей — скорее всего, крестьяне или посадские люди. Фамилии на -ихин редко встречались у дворянства: аристократия предпочитала формы на -ов/-ев или -ский. Харихины в XVI–XVII веках могли быть черносошными крестьянами или казаками, что подтверждается разрозненными записями в переписных книгах Вятки и Перми Великой. Позднее фамилия не стала массовой: в современных телефонных справочниках она встречается единично, что говорит о её сохранении в узких родовых гнёздах.