Фамилия Харшанюк — редкий случай, когда написание подсказывает географию точнее, чем корень. Её ареал — почти гарантированно запад Украины, скорее всего Волынь или Полесье. Суффикс -юк прямо на это указывает: в украинской ономастике он типичен для фамилий, образованных от личных имён и прозвищ на востоке страны, но особенно плотно встречается в Волынской, Ровенской, Житомирской областях и в приграничных районах Беларуси. По модели Харшанюк стоит в одном ряду с Михайлюк, Павлюк или Степанюк — когда к основе на согласный прибавляется -ук/-юк, означающее «сын» или «потомок».

С корнем сложнее. Первое, что приходит в голову — связь с глаголом «харкать» или существительным «харкотина». Но это маловероятно: прозвище Харшан или Харшаня звучало бы грубовато, а фамилии такого типа обычно не получают широкого распространения. Более правдоподобная версия — иноязычное происхождение основы. В польском языке есть слово «charsz» (устар. «хрящ»), а в белорусских говорах — «харш» (сухой, шершавый, часто о коже или земле). Если предок носил прозвище Харшан, оно могло описывать либо внешность (сухой, жилистый человек), либо занятие — например, кожевника, работавшего с жёсткой кожей. В пользу этой гипотезы говорит и то, что на Волыни и Полесье исторически сильны польское и белорусское влияние, а фамилии с корнем «харш-» встречаются в польских источниках (Харшевский, Харшницкий).

Третья, более спорная версия — от личного имени Харша, которое могло быть сокращением от крестильного Харитон (в народной форме Харя). В этом случае Харшанюк — «сын Харшана» или «сын Харши», а суффикс -ан- выступает как промежуточный (как в Степанюк от Степан). Но убедительных доказательств, что имя Харшан бытовало в украинской среде, нет. Поэтому наиболее вероятно: фамилия Харшанюк происходит от прозвища, связанного с особенностями внешности или ремесла, и закрепилась на Западной Украине в XVI–XVII веках. Носителей за пределами этого региона почти не встречается, что подтверждает локальный характер фамилии.