Фамилия Харшан — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В русской ономастике она почти не встречается, и её корни, скорее всего, ведут не в славянскую, а в иную языковую среду. Если отбросить очевидные, но маловероятные версии (например, связь с английским harsh — «резкий», что для русской фамилии нетипично), остаётся два основных пути.

Первый и наиболее вероятный — восточное, в частности тюркское или иранское происхождение. В тюркских языках корень «харш» (или «карш») может означать «упрямый», «противящийся», «стойкий». В таком случае Харшан — это прозвище, данное человеку с несгибаемым, своенравным характером. Суффикс -ан в тюркских языках часто образует имена и прозвища, обозначающие носителя качества (сравните с именами Айхан, Туран). По этой модели фамилия могла закрепиться за предком-тюрком, например, из числа татар, башкир или народов Кавказа, а затем, при переходе в русскую среду, получить окончание, типичное для русских фамилий (нулевое, как у фамилий типа Дон, Гай).

Вторая версия, более экзотичная, — индийская. В языках хинди и санскрите «харшан» (हर्षण) означает «радость», «счастье», «вызывающий радость». Это слово может быть личным именем или частью сложного имени. В этом случае фамилия Харшан могла возникнуть у выходцев из Индии, которые оказались в России или в сопредельных государствах, или же у представителей цыганских групп, чей язык имеет индийские корни. Цыгане часто использовали подобные имена в качестве фамилий или прозвищ.

С точки зрения русской словообразовательной модели, фамилия Харшан стоит особняком. В ней нет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает на её иноязычную основу. Она относится к типу «застывших» прозвищ или имен, которые не переоформлялись в русском языке, а просто вошли в обиход в исходной форме. Встретить такую фамилию можно в регионах с сильным тюркским влиянием — в Поволжье, на Урале, в Сибири, а также в южных областях России, где были исторические контакты с кочевыми народами. География бытования фамилии могла бы дать ключ к точной версии, но без неё остаётся лишь строить предположения на основе лингвистики.