Фамилия Харшин — редкий случай, когда прозвище могло закрепиться за человеком, чья внешность или характер напоминали хищную рыбу. В основе фамилии лежит слово «харш» — так в южных и западных русских говорах называли щуку, а также мелкую рыбу вроде окуня или ерша. В некоторых диалектах «харш» означало вообще всякую рыбу, не идущую в уху. Прозвище Харш давали либо рыбаку, либо человеку с вытянутым лицом, острым носом и цепким взглядом — по ассоциации с хищницей.

Фамилия образована по продуктивной модели на -ин, которая в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Харшин, то есть сын или потомок Харша. Суффикс -ин здесь типичен для фамилий, произошедших от названий животных, птиц и рыб (сравните: Щукин, Ершов, Окунев). Ударение в фамилии падает на первый слог — Ха́ршин, что характерно для исходного слова «харш» с тем же ударением.

Версия о связи с тюркским именем Харш (от арабского «харш» — «шум, ссора») маловероятна: для русских фамилий такой корень нехарактерен, а география фамилии — преимущественно центральные и южные области России, где рыбацкие прозвища были обычны. Встречается Харшин в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях, что подтверждает связь с речными промыслами.

В дореволюционных переписях фамилия фиксируется редко, что говорит о её локальном происхождении. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или мещан, живших рыболовством. В современной России Харшины встречаются нечасто — фамилия остаётся малораспространённой, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска.