Фамилия Харупкина — женская форма, мужская — Харупкин. В основе фамилии лежит прозвище или некалендарное имя Харупка. Слово это звучит необычно для русского уха, и сразу возникает вопрос: откуда оно? Самая вероятная версия — финно-угорское происхождение. В карельском, вепсском и финском языках есть корень «haru», который означает «разветвление», «ответвление», «развилина» (например, развилка дороги или реки). Суффикс «-пка» (или «-ппа») в этих языках — уменьшительно-ласкательный. Таким образом, Харупка могло быть прозвищем человека, жившего на развилке рек или у перекрестка дорог, либо того, кто занимался расчисткой леса под пашню (от «harvennus» — прореживание). В русском языке это прозвище освоили по модели «основа на -а + -ин»: Харупкин — «чей?» — сын Харупки.

Вторая, менее вероятная версия — от тюркского «харун» (воинственный, упрямый) с тем же русским суффиксом «-ка». Однако для северных областей России, где фамилия встречается чаще, финно-угорский след выглядит убедительнее.

Фамилия редкая. Встречается в основном на северо-западе России — в Архангельской, Вологодской областях и в Карелии, что дополнительно указывает на прибалтийско-финский субстрат. В списках дворянских родов Харупкины не значатся — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, которая закрепилась в XIX веке при переписях. Поскольку основа «Харупк-» не имеет очевидных русских параллелей, ареал бытования — главный ключ к разгадке. Скорее всего, предок носителя фамилии был крестьянином из числа вепсов или карел, говорившим на смешанном наречии.