Фамилия Харужена — редкая и не сразу поддающаяся анализу. В её основе почти наверняка лежит не русское, а иноязычное слово, что делает её уникальной среди привычных славянских фамилий. Если отбросить сомнения и посмотреть на структуру, сразу бросается в глаза окончание «-ена». В русской ономастике такой суффикс практически не встречается в исконных фамилиях, зато он характерен для фамилий молдавского и румынского происхождения, где часто оформляется как «-eanu» (на русский лад — «-ену» или «-ена»). Таким образом, Харужена — это, скорее всего, русифицированная форма фамилии Харужяну или Хэружану.

Корень «харуж» (или «хэруж») требует отдельного разбора. Он не имеет прямых соответствий в русском языке, но в румынском и молдавском существует слово «haruj» — устаревшее или диалектное, означающее «милостивый», «одарённый благодатью». Оно восходит к церковнославянскому или греческому «харис» (благодать). В таком случае фамилия Харужена могла образоваться от прозвища Харуж — так в Молдавии или на Западной Украине (Буковина, Бессарабия) могли называть человека набожного, получившего благословение, или же того, кто сам раздавал милостыню. Вторая, менее вероятная версия, связывает корень с тюркским «харуж» (расход, трата) — тогда прозвище могло относиться к расточительному человеку, но эта гипотеза слабее, так как суффикс «-ена» явно указывает на румынскую языковую среду, а не на тюркскую.

Географически фамилия Харужена с высокой вероятностью привязана к историческим землям Молдавского княжества — современная Молдова, Черновицкая и Одесская области Украины. Носители фамилии могли быть крестьянами или мелкими землевладельцами, получившими фамилию по личному качеству или прозвищу предка. В России фамилия встречается крайне редко, и, скорее всего, её принесли переселенцы с юго-запада в XIX–XX веках.

Что касается написания, вариант «Харужена» — это адаптация к русской грамматике: окончание «-а» вместо исконного «-у» или «-е». В оригинале фамилия могла звучать как Хэружану (Hărujan) или Харужану (Harujan). Таким образом, ищущий свою фамилию может смело предположить, что его предки родом из молдавской или румынской среды, а прозвище, лёгшее в основу, носило положительный оттенок — «милостивый» или «благодатный».