Фамилия Харзеева — женская форма, а мужская, Харзеев, образована по стандартной модели с суффиксом принадлежности -ев. Этот суффикс в русских фамилиях обычно указывает на отчество или прозвище отца: «чей?» — Харзеев, то есть сын Харзея. Основа здесь — Харзей, а не напрямую Харзе.

Корень фамилии — тюркский, что типично для южнорусских и казачьих фамилий, особенно распространённых в Поволжье и на Дону. Слово «харзы» (в разных тюркских языках — «харза», «карза») означает «куница» или «лесная куница». Это ценный пушной зверёк, и прозвище Харзей могли дать человеку за ловкость, хитрость, проворство или, возможно, за внешнее сходство — например, за тёмные волосы и быстрые движения. В некоторых тюркских говорах «харзы» также обозначает «разбойник» или «хищник» в переносном смысле, но это значение менее вероятно для прозвища, которое становилось фамилией.

Морфология проста: тюркское имя или прозвище Харзей (без уменьшительного суффикса, что указывает на взрослого человека) + русский патронимический суффикс -ев. Интересно, что у фамилии есть и вариант написания Харзеев с двойной «е» в середине, но это скорее результат путаницы при записи в документах XIX — начала XX века. Сравните с однокоренными фамилиями: Харзин (от «харза»), Харзиков, Харзиев — все они восходят к тому же звериному прозвищу, но с разными суффиксами, что говорит о независимом возникновении в разных регионах.

Географически фамилия Харзеева нечастая, но встречается в документах по Астраханской, Волгоградской и Ростовской областям — как раз в зоне активных тюркско-славянских контактов. В метрических книгах XIX века носители фамилии числятся в основном среди государственных крестьян и казаков, что подтверждает бытовое, а не дворянское происхождение. Никаких сведений о знатных родах Харзеевых нет — перед нами типичная «простая» фамилия, возникшая из прозвища, данного по черте характера или внешности.