Фамилия Харзин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти полностью вытеснило крестильное имя. В отличие от привычных Ивановых или Петровых, здесь за фамилией стоит не церковное имя, а мирское прозвище — Харза.

Слово «харза» в русских говорах имело два основных значения. Первое — хищный зверь из семейства куниц, крупная и яркая желтогрудая куница, обитающая в лесах Дальнего Востока и Сибири. Второе значение — переносное: так могли назвать человека с повадками этого зверя: быстрого, ловкого, скрытного, а иногда — хитрого и агрессивного. В северных и сибирских диалектах прозвище Харза было не таким уж редким — его давали за сноровку, неуловимость или, наоборот, за неуживчивый характер.

Модель образования фамилии проста и типична для русского севера и востока: основа Харз- плюс суффикс -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Харзин, то есть сын, потомок или человек из семьи Харзы. Мужские фамилии на -ин в этой модели образуются от основ на -а/-я, и «Харза» как раз подходит под это правило. Если бы прозвище звучало как Харз (без окончания), фамилия была бы Харзов, но в данном случае фиксируется именно «Харзин», что подтверждает исходную форму женского рода — Харза.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где водилась харза и где бытовало соответствующее прозвище — это Сибирь, Урал, Дальний Восток. Однако встречаются Харзины и в центральной России, что объясняется миграциями крестьян в XIX веке. Сословно фамилия почти наверняка крестьянская: прозвища от названий животных и их качеств — типичный признак простонародной ономастики, где церковные имена нередко заменялись яркими бытовыми характеристиками.

Другие версии происхождения — например, от тюркского «харз» (в значении «жадный» или «скупой») или от искажённого крестильного имени Харитон — выглядят менее убедительными. Ни в одном известном ономастическом словаре (Б. Унбегаун, В. Никонов) не зафиксировано прямых параллелей, а связь с русским диалектным словом «харза» прослеживается и фонетически, и семантически напрямую.