Фамилия Хасанходжаев — яркий пример антропонимики народов Средней Азии, вобравший в себя арабский, персидский и тюркский пласты. Она образована по модели, типичной для узбекских, таджикских и каракалпакских фамилий, где к личному имени или прозвищу добавляется компонент «ходжа» и русский суффикс -ев, адаптирующий слово к паспортной системе Российской империи и СССР.

Основа фамилии — составное имя Хасанходжа. Первая часть, Хасан, восходит к арабскому имени Хасан (حسن), что значит «красивый», «хороший», «добрый». Это одно из самых распространённых мусульманских имён, связанное с внуком пророка Мухаммеда. Вторая часть, «ходжа» (перс. خواجه — ходжа, господин), в Средней Азии имела несколько значений: почётный титул для купцов, учёных и духовных лиц, а также указание на происхождение от «четырёх халифов» или от первых проповедников ислама. Таким образом, имя Хасанходжа можно перевести как «красивый/добрый господин» или «Хасан-ходжа».

В русскоязычной записи фамилия закрепилась с окончанием -ев, которое указывает на принадлежность: «сын Хасанходжи» или «из рода Хасанходжи». До начала XX века у народов Средней Азии наследственных фамилий не было — человека называли по имени отца (Хасанходжаев — «Хасанходжа-заде» или «оглы»). Фамилию в её современном виде массово присваивали при советской паспортизации 1920–1930-х годов, отсюда её относительная молодость и строгая привязка к отцовскому имени.

Географически фамилия Хасанходжаев наиболее частотна в Узбекистане (особенно в Ташкентской, Самаркандской и Ферганской областях), а также среди таджиков и узбеков в Таджикистане и на юге Кыргызстана. В России она встречается редко, в основном в среде мигрантов и потомков среднеазиатских переселенцев.

В отличие от фамилий, образованных от профессий (например, Темирходжаев — от темир «железо»), Хасанходжаев указывает не на ремесло, а на социальный статус и религиозное благочестие предка. Носитель фамилии мог быть потомком уважаемого ходжи — учителя, судьи или купца, но не обязательно принадлежал к высшей знати. В ономастических словарях эта фамилия обычно не фиксируется из-за региональной специфики, но её разбор полностью укладывается в модель, описанную Б. Унбегауном для тюркских фамилий на -ев.