Фамилия Хусанходжаев — характерный пример сложения двух арабско-персидских элементов, которые пришли в русский язык через тюркское посредничество, скорее всего, из узбекского или таджикского. В основе лежит личное имя Хусанходжа, где первая часть — «Хусан» (араб. Хусейн — «красивый, хороший»), а вторая — «ходжа» (от перс. خواجه — «господин, хозяин, наставник»). В исламском мире «ходжа» — это не просто уважительное обращение, а указание на принадлежность к духовному сословию, потомков пророка или учителей. Таким образом, имя Хусанходжа буквально означает «господин Хусейн» или «красивый наставник».

Русский суффикс -ев (вместо ожидаемого -ов) здесь не случаен: он присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В фамилии Хусанходжаев основа заканчивается на «а», но в тюркских языках конечный «а» часто смягчает произношение, и в русской передаче это дало вариант с -ев. Такая модель типична для фамилий, образованных от восточных имён в XIX–XX веках, когда происходила массовая русификация фамилий Средней Азии.

Географически фамилия почти наверняка ведёт в Узбекистан или Таджикистан. В этих регионах имя Хусанходжа встречается среди оседлого населения, особенно в Ферганской долине и Самаркандской области. Носители фамилии — потомки человека, которого звали Хусанходжа. Скорее всего, его предки были связаны с исламским образованием или торговлей (ходжи нередко становились купцами, так как грамотность и доверие помогали в делах). Сословно это не аристократия, а скорее уважаемая городская или сельская верхушка.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Хусейнов, Хусаинов, Ходжаев — показывает, что Хусанходжаев стоит особняком. В отличие от простых отчеств («сын Хусейна»), здесь двойное имя-прозвище, что говорит о желании подчеркнуть не только имя, но и социальный статус предка. Встречается также вариант написания Хусан-Ходжаев, но дефис в русских документах ставили редко.

Спорных версий немного: иногда первую часть ошибочно связывают с тюркским «хусан» (красивый), но это калька с арабского. Вторая версия — что «Хусан» — это топоним (кишлак Хусан), но таких сёл не зафиксировано. Правдоподобнее всего остаётся антропонимическое происхождение: фамилия прямо говорит, что основатель рода носил составное имя, соединявшее религиозный авторитет с личным именем одного из внуков пророка Мухаммеда.