Фамилия Хусанходжаева — одна из тех, что выдают восточное, а точнее — узбекское или таджикское происхождение своего носителя. Она образована по распространённой в этих культурах модели: к мужскому имени прибавляется суффикс, указывающий на родство. В данном случае суффикс -ева (женский род) или -ев (мужской род) означает «дочь» или «сын» человека по имени Хусанходжа. То есть фамилия буквально говорит: «из рода Хусанходжи».

Основа фамилии — составное имя Хусанходжа. Оно, в свою очередь, состоит из двух частей. Первая — Хусан — это арабское имя, вариант более известного Хусейн, которое означает «хороший», «красивый», «добрый». В исламской традиции это имя особенно почитаемо, так как Хусейн — внук пророка Мухаммеда. Вторая часть — Ходжа (или Хожа) — почётный титул, восходящий к персидскому слову «хваджа», что значит «господин», «хозяин», «наставник». В Средней Азии «ходжой» называли потомков пророка или просто уважаемых людей, купцов и духовных лиц. Таким образом, имя Хусанходжа можно перевести как «добрый господин» или «красивый наставник».

Носитель такой фамилии — почти наверняка женщина. Мужской вариант — Хусанходжаев. Географически фамилия наиболее характерна для Узбекистана и Таджикистана, а также для тех регионов России, куда в советское время переселялись люди из этих республик, например, для юга Урала или Поволжья. Встретить её можно и у потомков среднеазиатских купцов, которые оседали в городах Российской империи.

Интересная деталь: в русском языке фамилия закрепилась с окончанием -ева, а не -ова, что типично для основ, оканчивающихся на мягкий согласный или «а». Если бы основа оканчивалась на твёрдый согласный, было бы «Хусанходжов», но здесь работает фонетический принцип русского словообразования. В самой Средней Азии эту фамилию могли записывать и как Хусанходжаева, и как Хусанходжаева — разница только в передаче звука «х» на письме, но смысл остаётся тем же.